Với thiên ký sự trung thực và tài hoa này, tác giả đã kể lại cuộc hành trình từ Nghệ Tĩnh về Thăng Long của mình để chữa bệnh cho Chúa Trịnh khi được vời về phủ Chúa do tiếng tăm lừng lẫy của một đại danh y. Thượng Kinh ký sự kể lại thời gian sống ở Kinh thành biết bao biến động lớn, tả lại sự giao du với các công hầu khanh tướng thời Lê mạt và lúc nào tác giả cũng mong thoát khỏi vòng công danh phú quý về với núi cũ non xưa.